De tijd die tussen de afname van een (ontlastings)monster zit en de verwerking in een laboratorium heeft een grote impact op de kwaliteit en betrouwbaarheid van de onderzoeksresultaten. Uit onze analyse blijkt dat monsters voor onderzoek dat gebruik maakt van de FISH-analysemethode (zoals die van NL-Lab) significant langer betrouwbaar blijven en voordeliger te vervoeren zijn dan monsters voor andere analysetechnieken zoals polymerase chain reaction (PCR), next generation sequencing (NGS) en selectieve kweek.
Waarom feces-monsters voor het darmmicrobioom-onderzoek van NL-Lab langer houdbaar zijn en de resultaten betrouwbaarder zijn.
Fecesmonsters zijn onderhevig aan biologisch verval, daarom moeten ze zo snel mogelijk worden geanalyseerd. De reistijd wordt beïnvloed door verschillende factoren, zoals afstand, type transport, het weekend en seizoensdrukte. Daarbij komt ook dat temperatuur een grote invloed heeft op de kwaliteit van de monsters.
Daarnaast verschillen de voorwaarden voor het (optimale) vervoer per analysetechniek:
Selectieve Kweek
Monsters voor kweek moeten bij voorkeur gekoeld blijven en binnen 1-3 dagen na productie geanalyseerd worden. Binnen die periode neemt de betrouwbaarheid van het meetresultaat snel af.
PCR en NGS
Ontlastingmonsters hebben te lijden onder zogenaamde DNA-polymerase inhibitors, die altijd aanwezig zijn in feces en die de ‘motor’ van de PCR-reactie remmen in zijn functie. Monsters voor PCR en NGS leveren na 3-4 dagen niet langer een betrouwbaar resultaat.
Een veelgebruikte oplossing is het gebruik van een conserveringsvloeistof (fixatief), maar dat heeft weer als nadeel dat het een extra stap bij het maken van het monster is, waarbij gemakkelijk fouten kunnen optreden. Daarnaast zijn de verhoudingen niet ideaal tussen fixatief en monster en is goede menging erg lastig. De effectiviteit van deze middelen bij darmmicrobioom-onderzoek is dan ook nog niet overtuigend aangetoond.
FISH
Monsters die met de FISH-methode worden geanalyseerd, zijn pas onbruikbaar als de celwandstructuur van de microbioom bacteriën en hun ribosomale celinhoud is aangetast. Bacteriecellen blijven structureel lang intact en dus analyseerbaar middels FISH-gebaseerde methoden. Wij hebben dit bij NL-Lab uitgebreid getest en monsters voor FISH zijn tenminste 7 dagen houdbaar en kunnen dan nog betrouwbaar worden onderzocht.
Overige voordelen FISH
De FISH methode is niet alleen superieur qua houdbaarheid van het monster, er zijn meer voordelen: FISH biedt ook een veel hogere analytische dekkingsgraad (96% van het microbioom) en kan als enige de microbiële activiteit van bacteriegroepen meten.
Onze gepatenteerde en geautomatiseerde C-FISH methode zorgt dat deze superieure methode nu ook betaalbaar geworden is voor complexe analyses zoals darmmicrobioom-onderzoek.
Interesse of vragen?
Heb je interesse in het darmmicrobioom-onderzoek van NL-Lab of heb je vragen naar aanleiding van dit artikel, dan raden we je van harte aan contact met ons op te nemen.
