Il tempo che intercorre tra la raccolta di un campione (di feci) e la sua elaborazione in laboratorio ha un impatto significativo sulla qualità e sull'affidabilità dei risultati della ricerca. La nostra analisi dimostra che i campioni destinati alla ricerca che utilizza il metodo di analisi FISH (come quelli di NL-Lab) rimangono affidabili per un periodo di tempo significativamente più lungo e sono più economici da trasportare rispetto ai campioni destinati ad altre tecniche analitiche come la reazione a catena della polimerasi (PCR), il sequenziamento di nuova generazione (NGS) e la coltura selettiva.
Perché i campioni di feci utilizzati per la ricerca sul microbioma intestinale di NL-Lab hanno una durata di conservazione più lunga e i risultati sono più affidabili.
I campioni fecali sono soggetti a decomposizione biologica; pertanto, devono essere analizzati il prima possibile. I tempi di trasporto sono influenzati da diversi fattori, come la distanza, il tipo di trasporto, i fine settimana e i picchi stagionali. Inoltre, la temperatura ha un impatto significativo sulla qualità dei campioni.
Inoltre, le condizioni per un trasporto (ottimale) variano a seconda della tecnica di analisi utilizzata:
Selezione artificiale
I campioni per la coltura dovrebbero preferibilmente essere conservati in frigorifero e entro 1-3 giorni dalla produzione. Entro tale periodo, l'affidabilità del risultato della misurazione diminuisce rapidamente.
PCR e sequenziamento di nuova generazione (NGS)
I campioni di feci sono affetti dalla presenza dei cosiddetti inibitori della DNA polimerasi, sempre presenti nelle feci, che inibiscono il funzionamento del "motore" della reazione PCR. I campioni per PCR e NGS non forniscono più risultati affidabili dopo 3-4 giorni
Una soluzione comunemente utilizzata è l'impiego di un conservante (fissativo), ma ciò presenta lo svantaggio di aggiungere un passaggio supplementare alla preparazione del campione, in cui possono facilmente verificarsi errori. Inoltre, i rapporti tra fissativo e campione non sono ottimali e una miscelazione corretta risulta molto difficile. Di conseguenza, l'efficacia di questi agenti nella ricerca sul microbioma intestinale non è stata ancora dimostrata in modo convincente.
PESCARE
I campioni analizzati con il metodo FISH diventano inutilizzabili solo quando la struttura della parete cellulare dei batteri del microbiota e il loro contenuto ribosomiale risultano compromessi. Le cellule batteriche, invece, mantengono la loro struttura intatta per lungo tempo e sono quindi analizzabili con metodi basati sulla FISH. Abbiamo effettuato test approfonditi presso NL-Lab e i campioni per la FISH rimangono vitali per almeno 7 giorni e possono essere analizzati in modo affidabile.
Altri benefici del PESCE
Il metodo FISH non solo è superiore in termini di durata di conservazione del campione, ma offre anche altri vantaggi: FISH garantisce una copertura analitica molto più elevata (96% del microbioma) ed è l'unico in grado di misurare l'attività microbica dei gruppi batterici.
Il nostro metodo C-FISH brevettato e automatizzato garantisce che questa tecnica di livello superiore sia ora accessibile anche per analisi complesse come la ricerca sul microbioma intestinale.
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